Avrupa Biyoinformatik Enstitüsü (EMBL-EBI) bünyesinde yürütülen AlphaFold Protein Yapı Veri Tabanı, küresel salgınlara karşı önemli bir biyoinformatik hamle gerçekleştirdi. Veri tabanı, insanları enfekte eden 23 farklı virüs ailesine ait 8 bin 28 protein dimeri ile genişletildi. Projeye Glasgow Üniversitesi, Cenevre Biyoinformatik Enstitüsü ve uluslararası viroloji ekipleri katkı sağladı.
AlphaFold2 sistemi, 3 milyondan fazla araştırmacı tarafından aktif olarak kullanılmakta olup daha önce yalnızca tekil insan ve bakteri proteinlerini 3 boyutlu olarak modellemişti. RNA tabanlı virüslerin karmaşık poliprotein zincirleri, yapay zeka için uzun süre zarfında bir 'kör nokta' olarak kalmıştı.
Bilim insanları, mpox, kızamık, dang humması ve hepatit B gibi yaklaşık 2 bin 800 virüsten alınan 41 bin 774 proteini dizilimlendirerek sistemin eğitimini sağladı.
PANDEMİ HAZIRLIK PORTALI
Yeni sistem, olası salgınlara hızlı aşı ve ilaç geliştirme amacıyla dev bir 'pandemi hazırlık portalı' sundu. Araştırma ekibinden Dr. Joe Grove ve biyoinformatikçi Sameer Velankar, SARS-CoV-2 (Kovid-19) ve HIV gibi virüslerin konakçı hücreye tutunmasını sağlayan 'üçlü' spayk proteinlerinin modellenmesinde yeni aşamalara geçildiğini açıkladı.
UZMANLARDAN TEMKİNLİ UYARI
Almanya Yapısal Sistemler Biyolojisi Merkezi'nden Virolog Dr. Jens Bosse ve Hamburg ekibi, yapay zeka tahminlerinin klinik başarısına dair temkinli bir uyarıda bulundu. Herpes virüsü (HSV-1) üzerinde yapılan bağımsız laboratuvar testlerinde, AlphaFold tarafından 'yüksek güvenilirlikli' olarak işaretlenen 83 protein kompleksinden yalnızca 30'unun gerçek biyolojik ortamda doğrulandığı kaydedildi.
Uzmanlar, yapay zekanın sunduğu geniş veri yelpazesinin gerçek biyolojik gerçekliğe dönüşmesi için hızlı deneysel doğrulama araçlarının geliştirilmesi gerektiğini vurguladı.
