Yeni Malatyaspor'un 19 yıllık profesyonel lig yolculuğu sona erdi. Kulüp, bu sezon yer aldığı Nesine 3. Lig 3. Grup'taki maçlarına çıkmadı ve Türkiye Futbol Federasyonu Profesyonel Futbol Disiplin Kurulu'nun (PFDK) kararıyla amatör lige düşürüldü.
Kuruluşundan bu yana farklı liglerde mücadele eden Yeni Malatyaspor, 2006-2007 sezonunda 3. Lig'e, 2009-2010 sezonunda ise 2. Lig'e yükselerek profesyonel liglerde yeni bir döneme adım attı. 2014-2015 sezonunda 2. Lig Beyaz Grup'ta şampiyon olarak 1. Lig'e çıkan sarı-siyahlı ekip, 2016-2017 sezonunu ikinci sırada tamamlayarak Süper Lig'e yükseldi.
Yeni Malatyaspor, 2017-2018 sezonunda Süper Lig'de mücadele eden ilk takım olarak tarihe geçti. Süper Lig'deki ilk sezonunu 10. sırada tamamlayan Malatya ekibi, 2018-2019 sezonunu 5. sırada bitirerek önemli bir başarıya imza attı. Aynı sezon Ziraat Türkiye Kupası'nı kazanan Galatasaray'ın şampiyonluğu ile UEFA Avrupa Ligi'ne katılma hakkı elde eden Yeni Malatyaspor, Avrupa kupalarında Türkiye'yi temsil etti.
UEFA Avrupa Ligi'nde 3. eleme turuna kadar ilerleyen Malatya, bu aşamada elendi. 2019-2020 sezonunda Süper Lig'i 16. sırada tamamlayan kulüp, Kovid-19 salgını nedeniyle küme düşmenin kaldırılması ile ligde kalmayı başardı. 2020-2021 sezonunu 15. sırada tamamlayan Yeni Malatyaspor, 2021-2022 sezonunu son sırada bitirerek Süper Lig'e veda etti.
Süper Lig'den düştükten sonra 2022-2023 sezonunda 1. Lig'de mücadele eden Yeni Malatyaspor, ligi 16 puanla son sırada tamamladı. 6 Şubat 2023'te meydana gelen Kahramanmaraş merkezli depremlerin ardından ligden çekilme hakkını kullanan kulüpler arasında yer aldı ve 2023-2024 sezonunda müsabakalarda yer almadı.
2024-2025 sezonunda yeniden 1. Lig'de mücadele eden Malatya ekibi, sezonu puansız tamamlayarak bir alt lige düştü. 2. Lig'de de ekonomik sorunlarla karşılaşan Yeni Malatyaspor, altyapı oyuncularıyla sahaya çıktı.
Ligin 13. haftasında Adanaspor maçına çıkmayan kulübe 3-0 hükmen mağlubiyet ve 3 puan silme cezası verildi. 14. haftada Isparta 32 Spor karşılaşmasına da yeterli sayıda oyuncuyla çıkamayan Yeni Malatyaspor, yine 3-0 hükmen mağlup ilan edildi.
PFDK, kulübün müsabakalara çıkmaması nedeniyle diğer karşılaşmalarının da hükmen mağlubiyet olarak tescil edilmesine karar verdi. 2. Lig'de yalnızca bir sezon mücadele eden Malatyaspor, 3. Lig'e düştü. Bu sezon 3. Lig'de de sahaya çıkamayan Yeni Malatyaspor, ligin ilk haftasında Karaman FK ve ikinci haftada Ejderoğlu Kırşehir FK ile oynaması gereken karşılaşmalara katılmadı.
PFDK, kulübün aynı sezon içerisinde iki müsabakaya çıkmaması nedeniyle amatör lige düşürülmesine karar verdi. Kararın kesinleşmesiyle birlikte Yeni Malatyaspor, profesyonel liglerdeki 19 yıllık serüveninin ardından amatör lige geriledi. Futbol serüvenine amatör ligde 1986'da başlayan, Süper Lig'de 5 sezon mücadele eden ve UEFA Avrupa Ligi'nde Türkiye'yi temsil eden Yeni Malatyaspor'un başladığı yere dönmesi, kentte üzüntüyle karşılandı.
